一、無菌實驗室整體結構
1、無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并具備能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。
2、為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。
3、須將通向外界的管路、門窗和通風道四周的空隙完全填充，所有窗戶、通風口和風機開口均應裝上防護網。
4、無菌實驗室的高度應能滿足工藝、衛生要求，以及設備安裝、維護、保養的需要。
二、無菌實驗室的操作臺
無菌工作區最好用無菌操作臺，或者用潔凈工作臺代替，需要放置在離門最遠的地方。
無菌實驗室的地面
無菌實驗室設計的地面應使用無毒、防滑、不滲水、不吸水、無裂隙且易于清洗消毒的建筑材料鋪砌(如耐酸磚、水磨石、混凝土等)，地面應有適當坡度(以1.0~1.5%為宜)。
三、無菌實驗室屋頂與天花板
1、屋頂和天花板應選用不吸水、表面光潔、無毒、防霉、耐腐蝕、易清潔的淺色材料覆涂。
2、食品及食品接觸面暴露的上方不應設有蒸氣、水、電氣等輔助管道，以防止灰塵或冷凝水等落入。
四、無菌實驗室墻壁與門窗
1、無菌實驗室的墻壁應采用無毒、不吸水、不滲水、防霉、平滑、易清洗的淺色材料構筑，用此材料裝修高度應直至屋頂。
2、所有門窗結構應采用防銹、防潮、易清洗的密封框架。
無菌實驗室采光、照明設施
無菌實驗室應有充足的自然采光或人工照明，加工場所工作面的混合照度不應低于300LUX，配料及灌裝車間不應低于800LUX。
五、無菌實驗室空氣處理凈化設施
1、無菌實驗室必須安裝有效的通風設備，其空氣流向應從清潔區域流向非清潔區域，采用機械通風時，換氣量應大于3次/小時。
2、無菌實驗室溫度應控制在15~27℃之間，濕度控制在50%以下為宜。
3、無菌實驗室入口處應分別設有人員和物料的凈化設施。
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